Um agente do FBI e Max, um cão Rottweiler da polícia de Nova York, precisam realizar um trabalho disfarçados num prestigiado Show de Cachorros quando uma rede ilegal de comerciantes de animais é descoberta.

Ainda sedento pelo poder dos Smurfs, o bruxo Gargamel cria os Danadinhos, uma versão malvada das criaturinhas azuis.

Quando o malvado Gargamel tenta capturar os Smurfs, eles fogem por um portal mágico e acabam perdidos em Nova York.

Após se reencontrarem e reativarem a Mistérios S.A., Fred, Daphne, Salsicha, Velma e Scooby-Doo partem rumo a Coolsville para desvendar mais um mistério. Lá está um homem mascarado, que planeja usar uma máquina criadora de monstros para controlar o lugar. Em meio às investigações, eles conhecem Patrick Wisely, o curador do museu local, e ainda Heather Jasper-Howe, uma repórter que se apaixona por Fred e tem como missão descreditar as investigações do grupo.

Dois anos depois de separarem-se após resolverem seu último caso, a equipe da Mystery Inc. une-se para investigar estranhos acontecimentos em um parque mal-assombrado chamado Spook Island. A atração parece assombrar jovens visitantes de maneiras muito estranhas, mas cabe a Scooby, Salsicha e todo o grupo desvendar o mistério.

Ao perseguir um ladrão de banco, o agente do FBI Malcolm Turner se disfarça como a avó gorducha da namorada do ladrão.