Muitos anos após o reinado de César, um jovem macaco embarca em uma jornada que o levará a questionar tudo o que lhe foi ensinado sobre o passado e a fazer escolhas que definirão o futuro de macacos e humanos.

Thomas lidera os Clareanos fugitivos na sua missão final. Para salvar seus amigos, eles precisam invadir a lendária Última Cidade, um labirinto controlado pela WCKD que pode se tornar o mais mortal de todos.

Após escapar do labirinto, Thomas (Dylan O'Brien) e os garotos que o acompanharam em sua fuga da Clareira precisam agora lidar com uma realidade bem diferente: a superfície da Terra foi queimada pelo sol e eles precisam lidar com criaturas disformes chamadas Cranks, que desejam devorá-los vivos.

Num cenário pós-apocalíptico, uma comunidade de rapazes descobre que estão presos num labirinto misterioso. Juntos, terão de descobrir como escapar, resolver o enigma e revelar o arrepiante segredo acerca de quem os colocou ali e por que razão.