Milhares de anos no futuro, uma cidade conhecida como "Eden 3" é habitada apenas por robôs, cujos antigos mestres desapareceram há muito tempo. Dois robôs agrícolas acidentalmente despertam uma menina humana.

Com seus corpos em péssimo estado, os irmãos Edward e Alphonse enfrentam forças sinistras para recuperá-los.